安徽省巢湖卫生学校设有临床医学系、口腔医学系、医学技术系、护理学部、公共卫生与卫生管理系、药学系、基础部、思政教研部等8个系（部），以及安徽省全科医学培训中心、安徽省卫生职工培训中心、安徽省遗传医学中心等5个教育培训与科研机构。开设“医、药、护、技、管”五个专业群20个专业，其中国家级骨干专业4个，省级特色专业14个。拥有国家“万人计划”名师1人，省级教学团队11个，省级教学名师和专业带头人20人。现有校内实训中心（基地）14个，实验实训室81个，其中，中央财政支持职业教育实训基地（中心）2个、省级示范实训中心7个。拥有三级甲等附属医院（安徽省第二人民医院）1所，二甲非直属附属医院4所，校外实习实训基地176个。